يتوجب على من يفكر في إجراء عملية زراعة الشارب أن يكون على دراية بالمخاطر والمضاعفات المرتبطة بهذه العلملية، وفيما يلي قائمة بأبرز هذه المخاطر والمضاعفات:

• العدوى: بعد إجراء هذه العملية، قد يحدث التهاب في منطقة الزراعة، مما يتطلب علاجًا طبيًا.
• تساقط الشعر المزروع: من الممكن أن يُفقد الشعر المزروع في الأشهر الأولى بعد العملية، مما قد يؤدي إلى نتائج غير مرضية.
• ندوب دائمة: يمكن أن تترك العملية ندوبًا قد تكون واضحة، خاصة إذا لم تُتبع العناية المناسبة بعد العملية.
• استجابة تحسسية: قد تظهر ردود فعل تحسسية نتيجة للمواد المستخدمة خلال العملية، مما يستوجب استشارة طبية فورية.
• عدم التناسق: قد يحدث عدم توافق في نمو الشعر بين المناطق المزروعة، مما يؤدي إلى مظهر غير متوازن.
• الألم والتورم: يشعر بعض المرضى بألم أو تورم في منطقة الزراعة، وقد يستمر ذلك لفترة بعد العملية.
• المضاعفات الناتجة عن التخدير: يمكن أن تحدث ردود فعل سلبية بسبب التخدير المستخدم في العملية.
• مشاكل نفسية: يشعر البعض بالقلق أو الاكتئاب إذا لم تكن نتائج العملية كما توقعوا.
• التكاليف المالية: تعتبر عملية زراعة الشارب مكلفة، وقد تحتاج إلى جلسات إضافية لتعزيز النتائج، مما يرفع التكاليف الكلية.